Die Verantwortung für den Vollzug des Wasserhaushaltsgesetzes und der Wassergesetze der Länder liegt bei den Wasserbehörden.
So gibt es in den größeren Bundesländern einen dreistufigen Verwaltungsaufbau, bestehend aus dem zuständigen Ministerium als oberster Wasserbehörde, den Regierungspräsidien als obere Wasserbehörde und den unteren Verwaltungsbehörden (Landrat/Landkreis, kreisfreie Stadt) als untere Wasserbehörde. Im Saarland und in Schleswig-Holstein gibt es nur einen zweistufigen Verwaltungsaufbau, der aus der oberen und unteren Wasserbehörde besteht. Die Länder Berlin, Bremen und Hamburg als Stadtstaaten haben wiederum eine andere Verwaltungsorganisation. Zur fachtechnischen Beratung der unteren Wasserbehörden sind Wasserwirtschaftsamt als technische Fachbehörden bestimmt. Neben den eigentlichen Wasserbehörden können für den Vollzug der Wassergesetze auch die Polizei-, die Baugenehmigungs-, die Berg-, die Gewerbe- und Planfeststellungsbehörden zuständig sein.
Weitere Definition:
Wasserbehörden sind die staatlichen und kommunalen Behörden, in deren Verantwortung der Vollzug der Wassergesetze liegt. Oberste Wasserbehörden sind die zuständigen Ministerien der Länder (in Bayern: Bayerisches Staatsministerium für Landesentwicklung und Umweltfragen), untere Wasserbehörden sind die Landkreise und kreisfreien Städte und örtliche Wasserbehörden sind die Kommunen