Zuständigkeiten im Bereich des Gewässerschutzes regelt das Grundgesetz. Der Bund hat nach Artikel 75 Nr. 4 Grundgesetz das Recht, Rahmen­vorschriften über den Wasserhaushalt zu erlassen. Im Rahmen seiner konkurrierenden Gesetzgebungs­zuständigkeit für das Recht der Wirtschaft (Art. 74 Nr. 11 GG) hat der Bund das Wasch- und Reinigungsmittelgesetz erlassen.
Die übrige Gesetzgebungs­kompetenz in der Wasserwirtschaft, insbesondere zur Ausfüllung des durch den Bund vorgegebenen Rahmens sowie die Organisation des Vollzugs liegt bei den Bundesländern. Die für die Wasserwirtschaft und das Wasserrecht zuständigen Landes- und Kommunal­behörden, deren Kompetenzen in den einzelnen Ländern unterschiedlich geregelt sind, führen nach den Landeswasser­gesetzen die Genehmigungs­verfahren durch und erteilen die entsprechenden wasserrechtlichen Bescheide. Die Behörden der Länder sind auch für den Vollzug und die Überwachung der Einhaltung der Bescheide (Auflagen usw.) zuständig. Einigen regionalen Wasserwirtschafts­verbänden sind nach den Landeswasser­gesetzen Zuständigkeiten übertragen worden, die in den Landeswasser­verbands­gesetzen geregelt werden.
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