Bei intaktem Betrieb wandeln Bakterien die Kohlenstoffketten des Einsatzgutes (Maissilage, Gülle, Klärschlamm)zuerst in Essigsäure und dann in Methan um. Das Einsatzgut stinkt deshalb, weil hier auch Faulraktionen ablaufen. Angefaultes stinkt. Ein Biogasbetreiber sollt deshalb das Lager des Einsatzgutes Luftdicht gestalten. Ausgefaulter Schlamm, also nach dem Fermenter stinkt nicht, sofern die Reaktionen der Bakterien vollständig sind. Leider stürzen Biogasanlagen häufig ab (Massensterben der Bakterien). Dann wird das Einsatzgut nicht mehr anständig zersetzt und es stinkt wieder.
Also zusammengefasst: Biogasanlagen stinken nicht, wenn sie anständig betrieben werden.